自動入力前にシフト枠を手動で入力しているのですが、「一括入力」を使っても時間がかかってしまいます。

「入力パターン」を活用します。「設定」の「入力パターン」からまとめて入力したいシフト枠の並びを登録します。シフト枠を入力する際に「パターン」から登録したシフト枠の並びを選択することで、シフト枠をまとめて入力することができます。