Aさんしか入らないシフト枠がありますが、Aさん以外にも自動入力で割り当てられてしまいます。

以下のいずれかの方法で対応が可能です。
1.「入力パターン」を活用し、自動入力前にAさんに対して、対象のシフト枠を入力します。自動入力対象のシフト枠で、対象のシフト枠を自動入力対象のシフト枠から外します。
2.自動入力ルール設定の負担の大きいシフト枠でそのシフトを選択し、STEP2でAさん以外の人のチェックを外します。
※参照用シフトを正しく登録していれば、ほぼ想定通りの結果が自動入力で得られます。その場合、最終的な調整は必要となりますが、負担の大きいシフト枠の設定は不要となります。